ششم مهر ۱۳۳۴ در شهر اهواز به دنیا آمد. وی در دهه ۱۳۵۰ فعالیت‌های سیاسی مخفی علیه رژیم پهلوی را آغاز کرد که این فعالیت‌ها منجر به دستگیری و زندانی شدن او توسط ساواک گردید. در دوران زندان، شمخانی با شخصیت‌هایی چون محسن رضایی میرقائد و غلامعلی رشید آشنا شد که این ارتباطات به تأسیس گروه منصورون انجامید. علی شمخانی به همراه تحصیلات در دانشکده فرماندهی و ستاد (دافوس) و دانشگاه عالی دفاع ملی (در رشته استراتژیک نظامی)، دارای مدرک مهندسی از دانشگاه جندی‌شاپور و مدرک کارشناسی ارشد مدیریت از همین دانشگاه است. وی در طول جنگ عراق با ایران از فرماندهان ارشد سپاه پاسداران بود و از سال ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۰ فرماندهی سپاه خوزستان را به عهده داشت. در فاصله سال‌های ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۸، جانشینی فرمانده کل سپاه پاسداران را بر عهده داشت و در عین حال، از ۱۳۶۵ تا ۱۳۶۸ فرماندهی نیروی زمینی سپاه و از ۱۳۶۷ تا ۱۳۶۸ معاونت اطلاعات و عملیات ستاد فرماندهی کل قوا را نیز بر عهده داشت. شمخانی در دولت چهارم به مدت یک سال، از ۱۳۶۷ تا ۱۳۶۸، وزیر سپاه پاسداران بود و سپس به‌طور کامل به ارتش منتقل گردید و از سال‌های ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶ فرماندهی نیروی دریایی ارتش جمهوری اسلامی ایران را عهده‌دار شد، در حالی که از سال ۱۳۶۹ با حفظ سمت، فرماندهی نیروی دریایی سپاه را نیز برعهده داشت. در دولت هفتم و دولت هشتم، شمخانی از سال ۱۳۷۶ تا ۱۳۸۴ به‌عنوان وزیر دفاع خدمت کرد. وی یکی از ۱۲ نظامی ارشد با درجه سرلشکری در نیروهای مسلح ایران محسوب می‌شود.
